化石复活的关键地点是红莲岛的宝可梦实验室。玩家需要携带获得的化石前往该实验室最右侧的房间，与研究员对话即可完成复活流程。化石翼龙的复活需额外步骤：先在尼比市博物馆右侧房屋获取神秘琥珀，再前往红莲岛实验室处理。
化石获取主要发生在月见山剧情阶段。当玩家击败月见山深处的理科男生后，可在两个化石中选择其一（左侧为化石盔，右侧为菊石兽）。队伍中必须预留至少一个空位才能接收复活的宝可梦，否则研究员会拒绝提供服务。复活后的宝可梦初始等级通常为5级，具备该物种的基础技能池。
红莲岛实验室的功能不仅限于化石复活。该设施还承担着宝可梦进化研究等任务，建议玩家在前往前确保已完成红莲岛道馆挑战。实验室内部布局分为多个功能区，复活化石需进入最右侧标有化石复原室字样的房间。部分改版游戏中该位置可能调整至尼比市博物馆二楼，但原版火红严格限定在红莲岛。
关于时间成本，复活过程为即时完成，无需等待现实时间或游戏时长。复活后的宝可梦个体值由系统随机生成，但性格与化石提交时保持一致。神秘琥珀复活的化石翼龙具有岩石+飞行双属性，种族值分布偏向速度和攻击，可弥补前期队伍的空缺。
国际版与日版在复活流程上完全一致，但部分汉化改版可能修改实验室位置或增加额外步骤。建议玩家在关键操作前存档，防止意外情况导致化石丢失。原始版本中不存在通过通信交换获取化石的设定，所有化石类宝可梦必须通过剧情获取的化石复活。
携带多个化石时需逐个提交复活，无法批量处理。复活后的宝可梦会直接加入队伍或传送至电脑箱，建议提前整理好存储空间。该机制与后续世代通过化石复活机处理的设定存在显著差异，体现了火红版本特有的复古特色。
