火影忍者的故事背景设定在一个虚构的忍者世界，这个时代以忍者文化为核心，忍者们通过特殊训练掌握忍术、体术和幻术。忍者世界由多个独立的忍者村组成，每个村子拥有自己的政治体系和军事力量，火影作为村子的最高领导者负责维护秩序。这一时代的核心矛盾源于各国对资源和权力的争夺，导致频繁的忍者战争，而忍者们也在战争中形成了深厚的友情与羁绊。
战国时代是忍者世界的重要历史阶段，忍者以家族部落的形式存在，受雇于火之国、风之国等五大国担任军事力量。这一时期的忍者更像雇佣兵，部落之间充满血腥冲突，直到初代火影千手柱间与宇智波斑联手建立木叶隐村，才逐渐形成相对稳定的忍村制度。大名和武士阶层在政治体系中扮演重要角色，但实际权力逐渐向忍者倾斜。
游戏中的时代背景与动漫主线存在差异，开发者对部分历史事件进行了改编以适应玩法需求。例如某些忍界大战的时间线被压缩，部分角色的登场时机也经过调整。游戏更强调玩家通过任务模式体验关键历史事件，如波风水门封印九尾、晓组织崛起等，这些剧情被设计为可重复挑战的副本内容。
忍者世界的科技水平呈现矛盾特征，既存在对讲机等现代通讯设备，又保持着冷兵器为主的战斗方式。这种设定源于查克拉体系的特殊性，使得火药武器难以对抗高阶忍术。游戏中的装备系统也遵循该逻辑，防具主要增强查克拉防御而非物理抗性，武器则以苦无、手里剑等传统忍具为主。
神话时代构成了整个忍者世界的起源，大筒木辉夜作为查克拉始祖，其降临事件影响了后续千年历史。游戏通过特殊剧情副本重现了辉夜与六道仙人的对抗，玩家可操作因陀罗、阿修罗等传说角色体验神话战役。这部分内容虽然偏离主线剧情，但完整呈现了尾兽分配、忍宗创立等关键历史节点。
